Флора
К приоритетным объектам охраны на территориях «Заповедников Оренбуржья» относятся редкие виды растений и животных. Современная флора заповедников включает более 1650 видов, из которых 24 вида внесены в Красную книгу России и 51 вид – в Красную книгу Оренбургской области. Среди них: кочедыжник женский, страусник обыкновенный, можжевельник казацкий, рябчик русский, касатик карликовый, ятрышник шлемоносный, икотник лопатчатый, чина Литвинова, копеечник Разумовского, люцерна решетчатая, полынь солянковидная, астрагал Гельма, ковыль Залесского, ковыль красивейший, ковыль опушеннолистный, тюльпан Геснера (Шренка), горноколосник щитковый, цицербита уральская, астра альпийская и другие.
Фауна
Фауна заповедников насчитывает более 2800 видов беспозвоночных и 337 видов позвоночных животных. Из них 15 видов внесены в Красный список Международного союза охраны природы (IUCN), 50 видов - в Красную книгу России и 88 видов - в Красную книгу Оренбургской области. К наиболее редким видам относятся: дозорщик-император, альпийский усач, пахучий красотел, венгерская жужелица, острокрылый слоник, травянка евразийская, муравей Христофа, муравей Рузского, армянский шмель, степная дыбка, севчук Сервиля, красношейная поганка, авдотка, балобан, большой подорлик, змееяд, курганник, могильник, краснозобая казарка, дрофа, стрепет, кречётка, степная тиркушка, филин, серая неясыть, обыкновенная горлица, розовый скворец, европейская белая лазоревка, сайга, лошадь Пржевальского и другие.
